Лечебният протокол за ендодонтско лечение, обикновено, е сложен и изисква множество посещения.
Когато даден зъб е застрашен от бъдеща инфекция (в резултат на усложняване на кариес или фрактура) се предприема отстраняване на пулпната тъкан. В много случаи при взимането на решение за умъртвяване на даден зъб, такава инфекция е вече налична в границите на зъба или заобикалящите го тъкани. Инфектираната пулпа се отстранява с цел излекуване на инфекцията и спасяване на зъба. Процедурата изисква поставяне на анестезия. Почистването и оформянето на каналите се извършва с помощта на ръчни и машинни инструменти (пили). Дезинфекцията се постига с помощта на промивки с различни разтвори, поставяне на временни вложки на медикаменти и понякога, процедури от сферата на денталната физиотерапия. Когато е постигнато овладяване на инфекцията, по преценка на стоматолога, се преминава към обтуриране (запълване) на кореновите канали и завършване на лечението с поставяне на обтурация (пломба) или коронка.При вторичните ендодонтски лечения процедурата е сходна, но в първия етап на лечението, вместо умъртвяване, се извършва разпълване на каналите.
Една от причините за релечение е неуспех на първичното лечение: повторна поява на симптоми и възникване на инфекция (дентален абсцес). Ендодонтското лечение може да бъде неуспешно поради множество причини: неадекватна химиомеханична обработка на кореновия канал, в резултат на лош ендодонтски достъп, особености в анатомията, недобро оформяне на каналите, особено в апикалната (долна) трета на канала. Наличието на контакт между кореновия пълнеж и оралната среда би могло да стане причина за инфектиране на плънката и необходимост тя да бъде отстранена, а зъбът – прелекуван.
Ендодонтското релечение е сложна, времеотнемаща процедура, изискваща продължително проследяване от страна на денталния лекар.
Едно от най-често срещащите се усложнения при този тип процедури е счупването на ендодонтска пила в кореновия канал. Честотата на това усложнение е правопропорционална на сложността на каналната анатомия, наличието на извивки, калцификати и голям брой и дължина на кореновите канали. Счупването на инструмент изисква неговото отстраняване, ако това е възможно. В случай, че до инцидента е провеждана стриктна дезинфекция на каналите, работено е в относително стерилна среда и отсраняването на инструмента би създало предпоставки за влошаване състоянието на зъба, той може да бъде оставен и каналите да бъдат запечатани, независимо от наличието му. В повечето случаи, при спазване на горепосочените условия, счупеният инструмент не довежда до никакви по-нататъшни усложнения и инфекции.
Почти всички зъби, подложени на кореново лечение, търпят промяна в цвета си, която е свързана със спиране на тяхното кръвоснабдяване, промяна в твърдата структура на зъба, поставяне на различни химични субстанции и обтуриращи средства. Съществуват възможности за маскиране на тази промяна с помощта на избелващи средства, обтурационни материали или протетични конструкции.
Друго често срещано усложнение настъпва, когато кореновият канал не е обтуриран в пълната си дължина. Това може да бъде установено на рентгенова снимка. Често, в тези случаи, около върха на корена се наблюдава сянка, която е резултат от развиваща се там инфекция. Понякога липсата на обтурационен материал до върха на корена, обаче, е свързана с липсата на проходимост на канала. Отдиференцирането на тези случаи е въпрос на внимателна диагностика от страна на денталния лекар.
